Na sede, estão centralizados todos os serviços transversais da empresa, nomeadamente a Administração, Direcção e Comunicação. É para aqui que Dirk Niepoort traz as suas ideias pioneiras e novos planos quando regressa das muitas viagens de negócios e provas de vinhos. Elisabete Oliveira, na empresa desde 1973, trabalhou com três gerações Niepoort (Edu, Rolf e Dirk). No Departamento Administrativo-Financeiro trabalham Alexandra, Cláudia, João e Vítor. Elisabete trata o expediente diário. Outubro de 2005 traz grandes mudanças: José Teles junta-se à equipa da Niepoort como director geral e Verena Niepoort como administradora. As experiências de José Teles (no sector do Vinho do Porto desde 1988) e de Verena Niepoort (em Tecnologias de Informação e Gestão de Projectos desde 1991) complementam-se para estruturar a empresa, mantendo um bom trabalho de equipa, flexibilidade e um equilíbrio entre as tradições seculares e a inovação.
Em Junho de 2009, com a entrada de Carvalho Ferreira para a área comercial, a Niepoort inicia uma nova fase, assumindo a distribuição nacional dos seus vinhos. Em Novembro, com a entrada de Susana Ferraz, a Niepoort passa a ser o representante das barricas François Fréres em Portugal.
Nas Caves de Vila Nova de Gaia tem lugar o armazenamento, loteamento, envelhecimento, engarrafamento, rotulagem e expedição do Vinho do Porto. Rodeadas de muitas outras caves de Vinho do Porto, o armazém da Rua de Serpa Pinto é o espaço mágico onde os velhos vinhos Niepoort repousam em antiquíssimas barricas, pipas, demijohns, garrafas… Foi precisamente neste local que todo o trabalho da Niepoort foi desenvolvido até Março de 2007. A partir de então, por razões de espaço e de logística, a sede e o armazém principal da Niepoort passaram a ser na Rua Cândido dos Reis, permitindo, tanto o crescimento como a melhoria dos processos.
Nas Caves de Cândido dos Reis trabalham cerca de 20 pessoas; o Master Blender José Nogueira começou a acompanhar o seu pai (também José Nogueira) aos 14 anos. O seu filho, José Rodrigo Nogueira, integrou a equipa ao lado do seu pai em 2006, e é hoje o responsável pela Produção. Os membros da família Nogueira têm sido Master Blenders e bons companheiros da família Niepoort desde a fundação da Companhia em 1842, estando agora a quinta geração de cada uma das famílias a trabalhar lado a lado.
Em 2003, juntou-se à equipa de Enólogos, Nicholas Delaforce que coordena a vindima e vinificação dos Vinhos do Porto, no Douro, assim como do vinho Charme. Os vinhos são vinificados a partir de uvas fornecidas não só pelas vinhas próprias das Quintas de Nápoles, do Carril e da Pisca, mas também por numerosos lavradores independentes, que trabalham com a Niepoort desde há muitos anos. Nicholas Delaforce vem de uma família tradicional do Vinho do Porto e a sua experiência no sector, desde 1992, foi de grande importância para o investimento num centro de vinificação dedicado exclusivamente ao Vinho do Porto: a adega sita ao Museu dos Lagares, em Vale de Mendiz. Antes e depois da vindima, o principal local de trabalho de Nick é em Vila Nova de Gaia.