Au siège sont concentrés tous les services transversaux de l’ entreprise, notamment l’administration, la direction et la communication. C’est ici que Dirk Niepoort apporte idées pionnières et nouveaux plans lorsqu’il revient de ses nombreux voyages d’affaires et dé gustations de vins. Au sein de l'entreprise depuis 1973, Elisabete Oliveira a travaillé avec trois générations Niepoort (Edu, Rolf et Dirk). Elle s’occupe des affaires courantes quotidiennes aux côtés de Nininha, Claudia et Vitor. Le mois d’octobre 2005 apporte des changements importants : José Teles intègre l’équipe en tant que directeur général et Verena Niepoort en tant qu’executive partner. L’expérience de José Teles (dans le secteur du vin de Porto depuis 1988) et celle de Verena Niepoort (en matière de technologies de l’information et de gestion de projet depuis 1991) se complètent dans la mise en valeur de la structure et des procédés, en assurant un bon travail d'équipe et en maintenant la flexibilité nécessaire et un équilibre sain entre les traditions séculaires et l'innovation.
En juin 2009, l’entrée de Carvalho Ferreira au sein du département commercial marque le début d’une nouvelle phase pour Niepoort, assurant la distribution de ses vins sur le territoire national. En novembre, avec l’arrivée de Susana Ferraz, Niepoort devient le représentant des barriques François Frères au Portugal.
Dans les caves de Vila Nova de Gaia (Rua de Serpa Pinto) sont réalisés le stockage, l’assemblage, le vieillissement, la mise en bouteille, l’étiquetage et l’expédition du vin de Porto. C’est dans cet espace magique entouré de nombreuses autres caves de portos que reposent les vieux vins Niepoort dans de très anciennes barriques, pipas, dames-jeannes, bouteilles…. Environ 20 personnes travaillent dans les caves Niepoort ; le maître assembleur José Nogueira a commencé à accompagner son père (dont il a hérité le prénom) à 14 ans. Les membres de la famille Nogueira sont maîtres assembleurs et bons compagnons de la famille Niepoort depuis la fondation de la compagnie en 1842.
En 2003, Nicholas Delaforce a rejoint l'équipe des œnologues pour coordonner les vendanges et la vinification des vins de Porto, dans le Douro, ainsi que du vin Charme. Les vins sont vinifiés à partir de raisins qui non seulement proviennent des vignes personnelles de Quintas de Nápoles, Carril et Pisca, mais qui sont également fournis par les nombreux exploitants indépendants travaillant avec la maison Niepoort depuis de nombreuses années. Nicholas Delaforce vient d’une famille traditionnelle du porto et l’expérience qu’il a acquise dans le commerce de ce vin depuis 1992 s’est révélée d’une grande importance dans le cadre de l’investissement réalisé pour l'implantation d'un centre de vinification exclusivement dédié au vin de Porto : la cave située au Musée des Lagares [grands pressoirs en granit], à Vale Mendiz. Le principal lieu de travail de Nick, avant et après les vendanges, se trouve à Vila Nova de Gaia.